No existe una respuesta clara en cuanto a lo que causa SII. Se cree que los síntomas ocurren debido al funcionamiento anormal o a la comunicación entre el sistema nervioso y los músculos del intestino. Una regulación anormal puede provocar una mayor "irritación" del intestino o sensibilidad. Los músculos de la pared intestinal pueden perder su coordinación, contrayéndose demasiado o muy poco en ciertos momentos. Mientras que no hay obstrucción física, un paciente puede sentir como los calambres son una obstrucción funcional.